开启三周目其实很简单，通关二周目后系统会自动保存存档，重新读取这个存档就能开始三周目冒险。这时候你会发现博士那里可以升级图鉴到386版，这是三周目的关键步骤。升级完图鉴后直奔港口坐船前往火焰山，记得带上会怪力技能的宝可梦。
到了火焰山往右走会遇到两个火箭队成员，打败他们进入山洞。洞里需要用怪力推动石头找到红宝石，拿到后返回博士那里交任务就能获得船票。这张船票可以让你前往1-9号岛屿，这些岛屿藏着三周目的核心内容。建议优先去4号岛，一下船就会遇到老对手小茂，不过这次他不会和你对战。
4号岛右边的冰洞需要特别注意，冰面没有摩擦力容易打滑。这里要借助石头改变方向，在最深处会遇到冰天王和火箭队，战胜后获得重要道具登瀑布技能。拿到技能后去5号岛左上角冲浪，会遇到NPC送波可比的蛋。继续前进进入迷宫般的山洞，收集齐五个道具会被女孩带回家，之后就能解锁6号岛。
6号岛南边需要用斩术开门，触发剧情拿到蓝宝石。记得带回博士处修理机器，接着去7号岛南边能遇到安侬。这时候回到华蓝市，左边山洞深处可以捕捉超梦。8号岛的山洞里有凤凰和洛奇亚，9号岛需要解谜三角形机关，完成后会出现30级左右的迪奥西斯。这些神兽都是三周目专属内容。
三周目整体流程和二周目相似，但新增了岛屿探索和更多神兽捕捉机会。记得随时保存进度，有些迷宫和机关需要多次尝试。岛屿之间通过船只往返，可以自由选择探索顺序。完成所有岛屿任务后，三周目就算完整体验了，这时候你的图鉴应该也接近全收集状态了。
