运输船作为后勤补给的核心单位，其运作受到载重限制、港口设施、航线安全、天气海况等多重条件约束。运输船每艘均有明确的载重上限，不同类型的物资如兵力、武器、弹药等会占用不同比例的舱位，玩家需根据前线需求合理分配舱位，避免因超载导致运输效率下降或无法启航。运输船的速度等级直接影响跨战区调度时效，远距离运输需优先选择高速船型以减少航行时间。
运输船的装卸操作高度依赖港口设施条件，只有友方控制或已占领的港口才能进行正常装卸。大型运输船通常需要配备起重机等专业设备的高级港口，而小型船只可选择简易码头。若目的地港口被敌方破坏或占领，运输船将无法卸货甚至可能遭遇伏击。部分特殊物资如重型装备可能需要特定建筑支持才能装卸，玩家需提前确认目标港口的接收能力。夜间或恶劣天气下港口作业效率会显著降低，延长整体补给周期。
航线规划是运输船运作的另一关键限制，玩家需手动设定航线并避开敌方控制区或高危海域。游戏中的潜艇、侦察机等单位会实时威胁运输线安全，建议派遣驱逐舰或巡洋舰组成护航编队。地图上的岛屿、礁石等地形会强制改变航线走向，增加额外航行时间。部分狭窄海域可能出现交通拥堵，多艘运输船同时通过时需错峰调度。跨洋运输还需考虑燃油补给问题，超出船只续航力的航线需中途停靠友方港口加油。
天气系统对运输船的影响不可忽视，大风浪会降低船只30%-50%的移动速度，暴雨天气将关闭空投补给等特殊运输方式。游戏中的季节变化会永久性改变某些海域的通航条件，如冬季北极航线冻结将迫使船只绕行。实时天气预警功能可帮助玩家调整出发时间，选择风平浪静的窗口期执行关键运输任务。某些特殊事件如台风会临时生成不可抗力的禁航区，强制改变原有运输计划。
物资分配权限构成最后的限制层级，军团成员仅能向己方城市或授权港口运输物资，跨军团协作需提前建立同盟关系。高级军备如重型坦克、轨道炮等敏感装备需要指挥官权限才能调度，且会占用更多运输船配额。游戏后期解锁的直升机空投、登陆艇转运等特殊方式虽能突破部分地理限制，但仍受制于技术研发等级和资源消耗量。合理利用军团城市的共享仓储功能，可以实现多船联合运输的高效运作模式。
