核电站在辐射避难所中虽然能显著提升电力产能，但其副作用主要体现在资源消耗、辐射风险、建造门槛及战略布局限制四个方面。核电站需要大量瓶盖和材料进行建造与升级，初期投入成本远超普通发电站，若盲目拆除原有发电设施可能导致电力短缺。核电站解锁需人口达到60且三级核电站单格造价高达1800瓶盖，对前期资源规划形成压力。
核电站运行时会产生辐射污染，直接影响居民健康。尽管游戏未明确量化辐射伤害机制，但多个攻略指出需避免将居民长期安置在核电站工作，尤其是低等级或未穿戴防护装备的居民。辐射还可能间接增加医疗资源消耗，需额外配置医务室和消辐宁生产线以维持居民状态。
核电站的高电力产出伴随存储容量提升，但该优势需建立在稳定防御体系上。若遭遇死爪或匪徒袭击，核电站因体积庞大且常位于核心区域，可能成为重点破坏目标。一旦被摧毁，电力系统崩溃将导致全避难所停摆，因此需在周边部署高战力居民或防御设施。
从长期运营角度看，核电站并非绝对最优解。部分玩家建议在人口超过100且拥有核子可乐工坊后，逐步用后者替代核电站以节省空间。核电站的维护成本与风险使其更适合中后期资源充裕阶段，前期贸然建造可能拖慢整体发展节奏。
核电站的副作用需通过阶段性规划化解。建议在储备5万瓶盖、拥有稳定武器储备及高属性居民后再实施建造，同时保留部分发电站作为应急备份。合理利用训练室提升居民S属性，可降低对核电站的依赖，实现资源与安全的平衡。
