舰船改造的核心在于合理分配技术值与模块装配。优先强化武器冷却时间能显著提升输出效率，所有主力舰船都应优先点出冷却缩减，其次是伤害加成和策略技能。装甲型舰船需优先强化护甲与能量抗性，而载机舰则需侧重提升机库性能与载机命中率。技术值分配需遵循关键系统优先原则，例如战列巡洋舰ST59应优先解锁重型装甲系统，将护甲值提升至700以上才能有效承担前排防御职责。改造过程中需注意子系统联动，如红宝石级离子炮型需同步强化能量武器与命中率模块。
前排防御舰如ST59、乌拉诺斯之矛需强化装甲系统与闪避率；中排输出舰如永恒风暴、新君士坦丁大帝应优先武器冷却与暴击伤害；支援型舰船如卫士脉冲型则需专注锁定速度与治疗量提升。载机型舰船改造需分阶段进行：CV3000等航母优先扩充机库容量，其次提升舰载机伤害与命中率；太阳鲸则需平衡防御系统与载机维护效率。特殊舰种如刺水母级需针对性强化对巡洋舰伤害加成，其策略技能离子聚焦可造成160%额外伤害，是改造重点。
能量武器类舰船如斗牛级应装配穿透护甲的脉冲模块，物理武器舰船则需提升暴击率与攻城伤害。防空系统改造存在阈值效应，当对空命中率低于85%时需优先补足基础属性。动力系统改造存在边际效益，常规速度超过650后收益递减，应转投闪避率提升。逆向拆解技术可用于获取稀有模块，但需谨慎选择拆解对象，建议保留至少一艘原型舰船。魔改功能开放后，增加技术值的研究方向能显著提升改造上限，但需消耗大量蓝图研究时间。
改造后的舰船需通过模拟战斗验证输出循环效率，重点观察武器冷却与能量恢复的匹配度。舰队编组时需注意速度协同，混编龟速战巡（如ST59）与高速舰船会导致整体机动性下降。增援功能可突破指挥值限制，但会强制取消曲率航行，建议在计划圈内完成增援部署。改造完成的舰船撤回基地时需使用工程舰护送，避免暴露航线信息。定期检查舰载机战损率，优先补充小米防空机和VB输出机等核心载机以维持战斗力。
