工具箱并非独立存道具，而是指玩家通过工具升级、制作储物箱等功能实现的物品管理系统。游戏初期玩家会获得基础工具套装，包括锄头、镐子、斧头、喷壶和鱼竿，这些工具默认存放在背包栏位中。工具升级需前往铁匠铺支付金币和金属锭，每次升级需等待两天且期间无法使用该工具，升级后的工具会提升作用范围和效率，例如铜制工具蓄力后可作用于3x3区域，钢制工具为5x5区域。工具升级顺序不影响最终效果，但建议优先升级喷壶以提高浇水效率。
储物箱的制作是工具箱功能扩展的核心方式，玩家通过砍伐树木获取木材后，在制作菜单消耗50个木材即可制造基础储物箱。储物箱可分类存放工具、资源及收集品，但需注意放置位置需避开NPC行走路径，否则会被破坏。高级储物箱如木箱、硬木箱需解锁相应配方并通过收集硬木等稀有材料制作，硬木可通过砍伐神秘森林的大树桩或木桩获得。储物箱支持颜色标记功能，便于玩家建立分类存储系统，这是管理大量工具和资源的高效方案。
部分特殊工具如矮人小工具属于古物类别，需通过矿井41-80层挖掘、凿开岩浆晶球或古物宝藏获取，捐赠给博物馆后可解锁相关剧情。史前工具则需在车站、森林或山区挖掘获得，这类工具虽无实际功能但属于收集要素。回程魔杖等高级工具需通过特定代码或完成隐藏任务获取，属于后期内容。工具管理系统需配合背包升级使用，皮埃尔杂货店提供两次背包扩容服务，分别需2000金和10000金，扩容后36格背包能显著提升工具携带效率。
游戏1.5版本后新增工作台设施，允许玩家直接使用相邻储物箱内的材料进行制作，这实质构成了工具箱的高级形态。工作台需通过齐先生的特别任务解锁，配合自动化模组可实现工具自动整理。对于工具移动管理，空箱子可用斧头敲击回收，装有物品的箱子需清空后才能移动。后期通过沙漠矿洞获取铱锭制作的铱制洒水器等自动化设备，能有效减少工具使用频率，但需完成矿洞120层挑战并解锁相关配方。
